Bulgaria - Supply of kits, reagents and consumables for activities under Ordinance No 26/2007, Part III, with 42 separate items

„Доставка на китове, реактиви и консумативи за дейности по Наредба № 26/2007 г., за предоставяне на акушерска помощ на здравно неосигурени жени и за извършване на изследвания извън обхвата на задължителното здравно осигуряване на деца и бременни жени“, Част III, включваща 42 самостоятелно обособени позиции, подробно описани в Приложение № 1 - Tехническа и количествена спецификация, неразделна част от документацията ​​​​​​​ Кит за бърза (до 30 минути) екстракция на ДНК от цяла кръв, серум, плазма, телесни течности, амниоцити, хорион, букална лигавица и вирусна ДНК - за проби в обем до 200 ul, работещ с колонка. В комплект с всички реагенти и консумативи -​​​ количество до 3099 проби; Кит за ензимно пречистване на PCR продукт за секвениране, съдържащ екзонуклеаза I и скаридена алкална фосфатаза - количество до 5 000 проби; Кит за ДНК секвениране на PCR продукти (включително 50:50 хетерозиготни), едноверижна ДНК, бактериална геномна ДНК, плазмидна ДНК (≤15Kb )и други на базата на белязани с флуоресцентни багрила дидезоксинуклеотиди. Опаковка от 100 реакции, която да съдържа: готов реакционен микс - 800µl, M13 (-21) праймер (0.8pmol/ μL) - 10 μL, pGEM Control DNA(200ng/ μL) - 10 μL и 5X секвенционен буфер в 2 отделни епруветки по 1 ml. Китът да бъде подходящ за de novo и ресеквениране, оптимизиран за АТ и CG богати региони, химия съвместима със софтуера и калибрационните протоколи на секвенатор ABI 3130xl - количество до 1 700 проби; 5 x Seq buffer за ABI 3130/3130 xl, съвместим с позиция 3 "Кит за ДНК секвениране на PCR продукти (включително 50:50 хетерозиготни), едноверижна ДНК, бактериална геномна ДНК, плазмидна ДНК (≤15Kb) и други на базата на белязани с флуоресцентни багрила дидезоксинуклеотиди" - количество до 20 милилитра ​​​​​; Кит за определяне на делеции и дупликации в ATP7B гена на пациенти с болест на Уилсън с MLPA метод - количество до 50 проби ​​​​​; Кит за определяне на делеции и дупликации в гените PMP22, GJB1 и MPZ с MLPA метод - количество до 50 проби ​​​​​; Кит за определяне на големи делеции в CYP21A2. Допълнително определяне на мутации в CYP21A2Р, TNXB и ATF6B гени с MLPA метод - количество до 50 проби ​​​​​; Кит за откриване на делеции и дупликации в хромозомни региони 1p36, 3p22/3p21.3 и 11q23 а с MLPA метод- количество до 50 реакции ​​​​​; Кит за откриване на делеции и дупликации в хромозомни региони 2p24.1/MYCN, 2q33 и 17p13/TP53 и 17q с MLPA метод - количество до 50 реакции ​​​​​; Кит за откриване на делеции и дупликации в хромозоми 4, 7, 9, 12 и 14 с MLPA метод - количество до 50 кита; Кит за диагностициране на експанзия на CGG повтори в рамките на FMR1 гена. PCR базиран с тройна повтаряща се реакция с праймер (TP-PCR) и определяне размерите на фрагментите чрез капилярна електрофореза. Да определя 3 генотипа на нормална, предмутационна и пълна мутация. Валидиран за най-често употребяваните real-time PCR апарати. Клинична чувствителност - мин. 99,99%; Клинична специфичност: мин. 99,50% (Х-хромозомна аномалия)​​​​​ - количество до 300 проби​​​​​​​; Комплект реактиви за изолиране на нуклеинови киселини от кръв с магнитни частици. Запечатан многоямков контейнер съдържащ лизиращ буфер, промиващ буфер, елюиращ буфер, магнитни частици, във формат подходящ за апарат Маелстрьом 8. Допълнителен елюиращ буфер не по-малко от 1 mL. Накрайници за магнитните въртящи елементи съвместими с апарата. Обем на пробата до 300 µl цяла кръв, обем на елюата минимум 100 µl, +/- 10%. Възможност за работа в режим за обработка на единична проба - количество до 1 152 проби​​​​​​​; 1. Набор за ДНК микроарей за детекция на промени в броя копия (copy number changes) и единични нуклеотидни полиморфизми (SNP) с висока резолюция - до 2.5 Mb в автозомни хромозоми за изследване на загуба на хетерозиготност (LOH) (30 кита), съвместим с: 2. Набор за хибридизация, включващ 2X Hi-RPM буфер и 10X блокиращ агент, достатъчни за 25 чипа - 1 кит; 3. Миещ буфер 1 и миещ буфер 2 за aCGH/ChiP-on-ChiP - 1 кит; 4. Кит за ензимно флуоресцентно белязане на геномна ДНК - съдържащ Cyanine 3-dUTP и Cyanine 5-dUTP за белязане на геномна ДНК, рестриктазни ензими Rsa-I и Alu-I , колонки за пречистване и мъжка и женска референтна ДНК контрола, за 50 реакции (25 пациента) - 5 кита.; Набор за секвениране на човешки екзом, включващ панел от праймери за секвениране на цял човешки екзом, съдържащ олиго проби за обогатяване на библиотеките, с не по-малко от 99,1% покритие спрямо референтните човешки геномни бази от данни- RefSeq, CCDS, ClinVar и ACMG pathogenic/likely pathogenic варианти, COSMIC Cancer Gene Census, OMIM при не по-малко от 37Mb максимално геномно съдържание. Да включва допълнително панел с фиксирано съдържание, предназначен да покрива >16 600 базови двойки (bp) и 37 гена на митохондриалния геном (chrM) което позволява обогатяване и секвениране на варианти на митохондриална ДНК (mtDNA). Всички необходими реактиви и консумативи за изготвяне на библиотеки, включително индексиране и пречистване, на принципа на тагментиране чрез транспозоми и химия на хибридно улавяне, осигуряващи нормализация, без необходимост от предварително определяне на концентрация на пробите при ≥ 50 нг изходно количество геномна ДНК. Да работи с 10-1000 нг геномна ДНК; Наборът за секвениране на човешки екзом да поддържа мултиплексиране до 384 проби. Да включва реакционен кит за paired-end секвениране чрез синтез с капацитет 266- 333 Gb (2 x 100 cycles), позволяващ едновременно секвениране на 48 проби за рън. Подходящ за работа с апарат за новогенерационно секвениране NovaSeq 6000, с включен едногодишен лиценз на софтуера за анализ на данните - количество до 576 проби; Пълен набор от реактиви и консумативи за подготовка на библиотеки и секвениране на цял човешки геном, чрез PCR-free протокол за изготвяне на библиотеки, използващ принцип на тагментиране чрез транспозоми, свързани с микрочастици и осигуряващ унифициране на получените фрагменти, равномерно покритие, редуциране на вероятността от грешки независимо от концентрацията на стартовата ДНК. - Да позволява работа със стартово количество ДНК в широк диапазон от 25 нг до 2000 нг. Протоколът да позволява работа и с изходно количество ДНК около 20 нг, каквато е ДНК изолирана от кръвни филтърни бланки. - Лабораторно време за подготовка на библиотеките, съгласно протокол на производителя - не повече от 1.5 часа. - Пулването на изготвените нормализирани библиотеки да може да става лесно въз основа на техните обеми и без да е необходимо индивидуално количествено измерване на всяка една библиотека. -Да се осигурява равномерно покритие дори в GC и АТ богати региони. -Да включва уникални двойни индексни кодове с големина 10 базови двойки, съвместими с PCR-free протокол за изготвяне на библиотеки, представени в сетове от 96, което позволява мултиплексиране на до 384 проби. -Включените флоу клетки да имат по 4 улея (lanes). Всяка флоу (поточна) клетка да позволява генериране на 2400-3000 Gb секвенционни данни при 2 х 150 bp секвениране. Общият брой на прочитите преминаващи филтрите за поточна клетка при paired-end (двупосочно) секвениране да бъдат около 16-20 млрд. -При 2 × 150 bp секвениране Q30 да е ≥ 85%. -Да се постига поне 30х геномно покритие и поне по 120 Gb за човешки геном при всяка проба. -Секвенирането да се извършва в рамките на до 46 часа при секвениране на 2 × 150 bp. -Протоколът за подготовка на библиотеки да дава възможност за пълно автоматизиране. -Да включва всички необходими реактиви и консумативи за подготовка на библиотеки и секвениране, които да са съвместими с апарат NovaSeq 6000 -Наборът да е достатъчен за 96 проби, разделени на 4 флоу клетки по 24 проби всяка, с възможност за пускане на 2 флоу клетки по 24 проби за един рън; 96 проби/опаковка ​​​​​​​ - количество до 96 проби; Молекулен маркер на ДНК фрагменти с големина от 50 до 1000 бази (от 50 до 300 бази през 50 бази и от 300 до 1000 през 100 бази) концентрация (0.1 µg/µl)​​​​​​​ - количество до 400 теста​​​​​​​; Нуклеотиди 100 mM всеки (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) опаковка 250 микролитра за всеки нуклеотид - количество до 6 опаковки; Оптимизиран полимер (РОР7) , подходящ за 24-капилярен генетичен анализатор модел 3500 XL Applied Biosystems, 384 реакции/оп - количество до 16 опаковки; Контейнер с аноден буфер готов за използване, подходящ за 24-капилярен генетичен анализатор модел 3500 XL Applied Biosystems, 4 броя/оп. - количество до 4 опаковки; Контейнер с катоден буфер готов за използване, подходящ за 24-капилярен генетичен анализатор модел 3500XL Applied Biosystems, 4 броя/оп. - количество до 4 опаковки; Праймери 20 nmol scale (дължина 25 бази) - количество до 300 броя; Праймери 200 nmol scale (дължина 25 бази) - количество до 120 броя; Рестриктазa Dde I - количество до 5000 единици; Рестриктазa Dra I- количество до 4000 единици; Рестриктазa Hha I - количество до 6000 единици; Рестриктазa MwoI - количество до 2000 единици; Рестриктазa Hind III - количество до 12000 единици; Рестриктазa Hinf I- количество до 8000 единици; Рестриктазa Hph I - количество до 2000 единици; Рестриктазa AccI - количество до 2000 единици; Рестриктаза Mbo II - количество до 3000 единици; Рестриктазa Mnl I - количество до 12 000 единици; Рестриктазa Nla III - количество до 2500 единици; Рестриктазa Rsa I - количество до 5000 единици; Рестриктазa Тaq I - количество до 4000 единици; Рестриктазa Xag I - количество до 5000 единици; Рестриктазa Nde I - количество до 6000 единици; Термостабилна ДНК полимераза (рекомбинантна). Определена чистота над 90%. Без ендонуклеазна, екзонуклеазна, ДНК-азна, РНК-азна и протеазна активност в комплект с буфери- 250 U / опаковка ​​​​​​​ - количество до 110 опаковки​​​​​​​; Флоуклетка с капацитет за генериране на 15-35 GB данни за нанопорово секвениране с голяма дължина на прочетите. Съвместима с нанопоров секвенатор MinION и GridION.​​​​​​​​​​​​​​ - количество до 1 флоуклетка; Кит за промиване на нанопорова флоу клетка. Опаковка от 6 реакции - количество до 1 кит; Магнитни частици за пречистване на ДНК и библиотеки, предназначени за секвениране от следващо поколение. Базирани на SPRI химия. Опаковка от 5 ml. - количество до 1 опаковка; Комплект реактиви за идентифициране на мутации (турски тип), свързани с Трансмембранен регулатор на проводимостта при кистозна фиброза (CFTR) 1. Базиран на полимеразна верижна реакция и обратна хибридизация 2. Три стъпков протокол, включващ: ДНК изолация, PCR амплификация с използване на биотинилирани праймери, хибридизация на амплификационните продукти към тестова лента, съдържаща алел-специфични олигонуклеотидни сонди. 3. Визуално отчитане на хибридизационните линии. 4. Анализът обхваща най-малко следните мутации и полиморфизъм в CFTR гена: F508del (-CTT). 1677delTA, 1717-1G>A, G542X, 2043delG, 2183AA>G, 2184delA, 2184insA, 2789+5G>A, D1152H, R1158X, R1162X, W1282X, N1303K,G85E, E92X, E92K, M152V, 621+1G>T, R334W, R347H, R347P, E831X, W1098X (TGA), IVS8 5T/7T/9T.