Magyarország - Egészségügyi laboratórium által nyújtott szolgáltatások - GSI részére egysejt szekvenálási szolgáltatás

„RRF-2-3.1-21-2022-00003 azonosító számú „Nemzeti Laboratóriumok létrehozása, komplex fejlesztése” c. projekthez kapcsolódó „GSI részére egysejt szekvenálási szolgáltatás ” szolgáltatás beszerzése a Semmelweis Egyetem Genetikai, Sejt- és Immunbiológiai Intézet számára. A részletes műszaki leírást a Közbeszerzési Dokumentumok tartalmazzák. A „Nemzeti Laboratóriumok létrehozása, komplex fejlesztése” című projekt (RRF-2.3.1-21-2022-00003 azonosítószám) keretében egysejt 3’ transzkriptom szekvenálása és génexpresszió analízise 16 mintára, ami 16 sejtszuszpenzió egyedi sejt teljes expresszált mRNS készletének a cDNS-re írását, annak szekvenálását, és az eredmények kezdeti szoftveres feldolgozását jelenti. A folyamat 3 lépése: • A vizsgált mintában található sejtek precíz szétválogatása vonalkódolással, ahol a vonalkód a sejtek egyedi azonosítását és nyomonkövetését teszi lehetővé. • cDNS szintézis a 3’ teljes transzkriptomból (össz-RNS készlet az adott sejtben), valamely a tudományterületen elterjedten használt technikával. Ez a lépés magában foglalja a cDNS könyvtár létrehozását. • cDNS szekvenálása, és minőség-ellenőrzött eredményfájlok létrehozása. A három folyamat és a vonalkódrendszer eredményeként a vizsgált egyedi sejtek teljes aktív génállománya vizsgálható az mRNS expresszión keresztül, és az eredmények a tudományterület más eredményeivel összehasonlíthatók. • A kísérleti elrendezés humán és egér sejtek egysejt vizsgálatára is alkalmas. • Az egysejt szeparálást specialista végzi, vagy ilyen specialista szigorú felügyelete alatt történik, erre alkalmas eszközön, ami lehet az Ajánlattevő, vagy Ajánlatkérő birtokában. • A minták Ajánlattevőhöz történő szállítása, vagy ellenkező esetben az Ajánlattevő kiszállása és az egysejt szeparáláshoz szükséges eszköz helyszínre szállításának költségét az Ajánlatevő állja. • A vizsgálat további, szeparálás utáni lépései az ajánlattevő által meghatározott helyen történnek. A teljesítéshez szükséges informatikai és műszaki infrastruktúra biztosítása a Nyertes ajánlattevő feladatát képezi. • A teljes feldolgozási folyamatot követően a minták maradékát az Ajánlattevőnek kell megsemmisítenie a hatályos vonatkozó jogszabályi előírások szerint. • Az Ajánlattevő vállalja az eredmények szoftveres feldolgozásának a kezdeti lépéseit. Ezek: read mapping, quality control, gene expression quantification, aminek a végeredménye egy minőségellenőrzött génexpressziós mátrix, amit az Ajánlatkérő a további munkájában fel tud használni. • Az ajánlattevő a 3 lépéses folyamat végén létrehozott szekvenálási eredmények teljes egészét átadja, vagy elérhetővé teszi további feldolgozás céljából az ajánlatkérő részére. Beleértve a nyers FASTQ fájlokat és a génexpressziós mátrixokat (sejtenkénti expressziós adat). • Az egysejt tenyészetek előállítása droplet/mikrofluidika technikával, vagy a szakirodalomban elterjedten használt azonos megbízhatóságú technikával történik, ami biztosítja a kísérleti eredmények összehasonlíthatóságát a nemzetközi eredményekkel. • A mintaindexelés és könyvtárkészítés biztosítja a FASTQ formátumú adatkimenetet és sejt/gén mátrixot, vagy más, azzal egyenértékű szoftverekkel olvasható, azonos információtartalmú adatkimenetet. A vállalkozási szerződés hatálya alatt ajánlatkérő 16 minta egysejt 3’ transzkriptom szekvenálását és génexpresszió analízisét fogja megrendelni 2 egyenlő részletben. Az átvett minták szekvenálását nyertes ajánlattevőnek maximum 30 napon belül kell elvégeznie. A részletes követelményeket a közbeszerzési dokumentumok, a műszaki leírás és a szerződés-tervezet tartalmazza.