Česko - Laboratorní výzkum - Vybrané masivně paralelní sekvenační služby pro projekty OP JAK v MBÚ - smlouva na 24 měsíců

Předmětem veřejné zakázky jsou různé typy sekvenačních služeb na bázi čtení pořadí nukleotidů v řetězcích DNA molekul (a to jak DNA-Seq, tak RNA-Seq), jakož i další doplňkové služby související s přípravou a kontrolou vzorků k těmto analýzám a s analýzou získaných dat. Tato veřejná zakázka je rozdělena v souladu s § 35 ZZVZ na 8 částí. Sekvenace amplikonového poolu - maximální nepřekročitelná cena za jeden pool - 98 000 Kč bez DPH. Předpokládaný objem za 24 měsíců - 13 poolů. Dodaný sekvenační pool zahrnující až 384 jednotlivých knihoven/amplikonů dvojitě indexovaných např. barcody Nextera XT bude zkontrolován (Qubit a Bioanalyzer) a pool bude následně přečištěn paramagnetickými kuličkami s cílem odstranit krátké fragmenty (např. <250 bp nebo <350 bp, podle požadavků zadavatele). Po opětovné kontrole kvality (Qubit a Bioanalyzer) bude vzorek sekvenován v délce čtení 300 bp v párovém režimu (2×300 bp) s minimálním výstupem a kvalitou definovanými v popisu Části 6. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován, a zároveň budou z dat odstraněny sekvenační adaptéry (podle informací od zadavatele) a pro každou knihovnu/amplikon budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read - ideálně přes online platformu; Sekvenace bakteriálních genomů de novo - maximální nepřekročitelná cena za jeden pool - 85 000 Kč bez DPH. Předpokládaný objem za 24 měsíců - 44 poolů. Dodaný sekvenační pool obsahující několik (3-8) bakteriálních genomů (knihoven definovaných např. TrueSeq adaptéry) bude zkontrolován (Qubit a Bioanalyzer) a pool bude následně přečištěn paramagnetickými kuličkami s cílem odstranit krátké a dlouhé fragmenty (<200 bp a >800 bp). Po následné kontrole kvality (Qubit a Bioanalyzer) bude vzorek sekvenován v délce čtení 250 bp v párovém režimu (2×250 bp) a s minimálním výstupem a kvalitou definovanými v popisu Části 4. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován, a zároveň budou z dat odstraněny sekvenační adaptéry (podle informací od zadavatele) a pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read - ideálně přes online platformu.; Sekvenace RNA na úrovni jednotlivých buněk - maximální nepřekročitelná cena za jeden pool - 95 000 Kč bez DPH. Předpokládaný objem za 24 měsíců - 9 poolů. Tento příklad zahrnuje sekvenaci poolu sestávajícího z několika knihoven, připravených pomocí Chromium Next GEM Single Cell 3´ nebo 5´ Reagent kit, kdy fragmenty DNA jsou vybaveny specifickými adapterovými sekvencemi nezbytnými pro sekvenování na platformě Illumina nebo obdobné. U vstupního materiálu (1 pool) požadujeme kontrolu kvality pomocí kapilární elektroforézy, např. Agilent nebo obdobné, a vlastní sekvenaci v délce čtení 150 bp v párovém režimu s výtěžkem min 240 Gb a v kvalitě definované v popisu Části 3. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován a zároveň z dat odstraněny sekvenační adaptéry (podle informací od zadavatele) a pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read - ideálně přes online platformu.; Resekvenace prokaryotického genomu - maximální nepřekročitelná cena za 1 vzorek - 2 500 Kč bez DPH. Předpokládaný objem za 24 měsíců - 133 vzorků. Dodaný vzorek genomové DNA bude zkontrolován a bude určena jeho vhodnost pro sekvenaci. Ze vzorku bude dodavatelem připravena knihovna. Tato knihovna bude následně sekvenována v délce čtení 150 bp v párovém režimu (2×150 bp) a s min. výstupem 1,5 Gb a kvalitou definovanou v popisu Části 1. Jako sekvenační výstup budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read - ideálně přes online platformu.; Sekvenace RNA ze směsi buněk - maximální nepřekročitelná cena za jeden pool - 82 000 Kč bez DPH pro bakteriální vzorky. Předpokládaný objem za 24 měsíců - 12 poolů. Tento příklad sestává z 15 jednotlivých vzorků RNA, izolovaných v laboratoři zadavatele. Po doručení dodavateli bude zkontrolována jejich kvalita a určena vhodnost k sekvenaci. Ze vzorků bude dodavatelem připraven soubor knihoven (sekvenační pool) s unikátními indexy pro každý vzorek. Tento pool bude následně sekvenován v délce čtení 150 bp v párovém režimu (2×150 bp) a s min. výstupem 50 Gb a kvalitou definovanou v popisu Části 2. Získaná data budou následně bioinformaticky zhodnocena. Toto zhodnocení zahrnuje identifikaci, kvantifikaci a mapování transkriptů a srovnání genové exprese u vzorků či skupin vzorků (dle specifikace zadavatelem) a určení míry (násobky exprese) a signifikance těchto změn. Tyto výsledky budou zadavateli předány, či umožněno stažení ze serveru dodavatele, minimálně formou hrubých dat ze sekvenace, celkové tabulky s výsledky a tabulek a grafů dokumentujících rozdíly v expresi.; Příprava a sekvenace poolu bakteriálních (16S) amplikonů v sadě 100 vzorků - maximální nepřekročitelná cena za jeden pool - 120 000 Kč bez DPH. Předpokládaný objem za 24 měsíců - 7 poolů. Vzorky DNA nebo cDNA včetně jedné nebo více negativních kontrol budou připraveny v laboratoři zadavatele. Po doručení těchto vzorků dodavateli bude zkontrolována jejich kvalita a určena vhodnost k sekvenaci. Amplikony budou připraveny pomocí microbial DNA-free polymerázy (např. TP HS DNA-free 2x Master Mix, Top-Bio) za použití primerů specifikovaných zadavatelem (např. 515-806, dodání a kvalitu primerů zajišťuje dodavatel), indexovány vhodnou metodou (např. dvojité indexy Nextera XT), přečištěny na kolonkách nebo jinou vhodnou metodou, a výsledný pool podroben kontrole kvality a podle potřeby dočištěn paramagnetickými kuličkami s cílem odstranit krátké fragmenty (<200 bp). Výsledný pool bude sekvenován v samostatném nebo ve sdíleném runu s tím, že minimální garantovaný výstup bude 20 tisíc pair-end readů na vzorek (tj 10 Mb/vzorek), s kvalitou definovanou v popisu Části 5. Celkový požadovaný výstup je tedy minimálně 1 Gb sekvenčních dat celkem, a to v případě zcela vyrovnaného výstupu pro všechny vzorky, protože zároveň musí být dosaženo minimálního požadovaného objemu sekvenačních dat na každý jeden vzorek. Sekvenační výstup bude demultiplexován a zároveň z dat budou odstraněny sekvenační adaptéry, a pro každou knihovnu/amplikon budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read - ideálně přes online platformu.; Vlastní sekvenace zahrnující základní kontrolu kvality, např. měřením na přístroji Bioanalyzer nebo obdobném, sekvenaci a základní demultiplexing získaných dat, pokud je tento krok relevantní, bez dalšího bioinformatického zpracování nebo vyhodnocení dat, dle popisu jednotlivých částí v bodu 1.2 zadávací dokumentace. Sekvenace + doplňkové služby: Tento příklad zahrnuje zakázku sekvenace meta-transkriptomů, v rozsahu 20 jednotlivých vzorků RNA, izolovaných z půdy v laboratoři zadavatele. Po doručení dodavateli bude zkontrolována jejich kvalita a určena vhodnost k sekvenaci. Ze vzorků budou odstraněny fragmenty bakteriální i houbové rRNA metodou ribodeplece (případně bude odstraněn pouze jeden typ rRNA, dle požadavků zadavatele), následně budou odstraněny zbytky DNA (za použití RNase-free DNase) a dodavatelem bude potom (bez další amplifikace nukleových kyselin) připraven soubor cDNA knihoven k sekvenaci (sekvenační pool) s unikátními indexy pro každý vzorek, a to s fragmentací DNA řetězců podle požadavků zadavatele (např. na 500 bp nebo 800 bp), případně bez fragmentace. Tento pool bude následně sekvenován v délce čtení 300 bp v párovém režimu (2×300 bp) s min. výstupem 15 Gb a kvalitou definovanou v popisu Části 7. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován, a zároveň budou z dat odstraněny sekvenační adaptéry. Pro každou knihovnu budou zadavateli doručeny dva FASTQ soubory obsahující forward a reverse read - ideálně přes online platformu. Předpokládaný objem za 24 měsíců - 2 zakázky.; Vlastní sekvenace zahrnující základní kontrolu kvality, např. měřením na přístroji Bioanalyzer nebo obdobném, sekvenaci a základní demultiplexing získaných dat, pokud je tento krok relevantní, bez dalšího bioinformatického zpracování nebo vyhodnocení dat, dle popisu jednotlivých částí v bodu 1.2 zadávací dokumentace. Sekvenace + doplňkové služby: Tento příklad zahrnuje sekvenování celkové environmentální DNA extrahované z půdních nebo dřevních vzorků, a to bez další amplifikace nukleových kyselin. Po doručení sady 8 vzorků DNA izolovaných v laboratoři zadavatele bude dodavatelem zkontrolována kvalita a určena jejich vhodnost k sekvenaci. Vzorky budou následně opatřeny vhodnými barcody umožňující jejich rozlišení, a jejich pool bude potom sekvenován metodou dlouhých readů s minimálním výstupem a kvalitou definovanou v popisu Části 8. Sekvenační výstup bude následně demultiplexován, a zároveň budou z dat odstraněny případné sekvenační adaptéry (podle používané sekvenační platformy). Pro každou knihovnu (vzorek) bude zadavateli doručen jeden FASTQ soubor obsahující sekvence z příslušného vzorku, bez jiných sekvencí (ať už jiné vzorky nebo sekvenační kontroly), ideálně přes online platformu. Předpokládaný objem za 24 měsíců - 12 sad.