Magyarország - Egészségügyi laboratórium által nyújtott szolgáltatások - Szövetminták RNS izolálása és génexp. profilozása

Szövetminták totál RNS izolálása és RNS minták génexpressziós profilozása @20M SE read mélységben. A Nemzeti Kardiovaszkuláris Laboratórium pályázat támogatása (RRF-2.3.1-21-2022-00003 azonosítószám) terhére, a pályázatban megfogalmazott szakmai célok elérése érdekében szükséges a szolgáltatás beszerzése a Semmelweis Egyetem Farmakológiai és Farmakoterápiás Intézet számára. A részletes műszaki leírást a Közbeszerzési Dokumentumok tartalmazzák. Nyertes ajánlattevő feladata az Ajánlatkérő részére különböző típusú szövetmintákból történő totál RNS izolálás elvégzése, amelynek végterméke megfelelő tisztaságú és minőségű RNS, amely alkalmas további transzkriptomikai (elsődlegesen „Next-Generation Sequencing”) vizsgálatban történő felhasználásra, továbbá izolált RNS minták génexpressziós profilozására. Az alkalmazott metodikának képesnek kell lennie RNS izolálására (az izolált RNS Integritás értéke (RIN) legalább 7-es érték legyen) beleértve a rövid (17-200 nt hosszúságú) RNS szekvenciákat is mintánként maximum 1 µg-os kapacitásig számos szövettípusból (pl. szív szövet esetén minimum 0.5 µg maximum 1 µg RNS izolátum 10 mg szövetmintából). Ezt követően fluorometriás RNS koncentráció mérés olyan módszer segítségével, amely képes az RNS szelektív mérésére és megkülönböztetésére DNS-től, fehérjéktől, szabad nukleotidoktól akár már kis koncentráció tartományban is (≥0.2 ng/µL). Szükséges továbbá az RNS izolátumok minőségellenőrzésének elvégzése olyan elektroforézis alapú módszerrel, amely egyrészt alkalmas a mintában található RNS-ek méretének, mennyiségének és integritásának meghatározására kis mintamennyiség-igény (1-2 µL) mellett, másrészt kompatibilis a „next-generation sequencing” típusú vizsgálatokban történő felhasználással. Ezt követően szál-specifikus, 3´mRNA-Seq könyvtárkészítés akár kismennyiségű (≥1 ng) totál RNS mintából is. Végül pedig az elkészült könyvtárak szekvenálása teljes garanciával, minőségbiztosított módon minimum 20 millió mintánkénti átlagos single-end readszám garantálásával (kimeneti tartomány: ≥ 1 Gb, Minimum read hossz: 1 × 50 bp). A kapott mérési eredményeket, jegyzőkönyveket, riportokat és a szekvenálás nyersadatait nyertes ajánlattevőnek FastQ formátumban kell ajánlatkérő rendelkezésére bocsátania. A minták szakszerű elszállítását a nyertes ajánlattevő laboratóriumába a Semmelweis Egyetem Farmakológiai és Farmakoterápiás Intézet biztosítja. A szolgáltatás gyakorisága előre nem ütemezhető, az egyes kutatási projektek, study-k végén esedékes. A minták szállítása előtt ajánlatkérő felveszi a kapcsolatot a nyertes ajánlattevő kijelölt munkatársával a minták szállításának megszervezése céljából. A szállítás napját legkésőbb a szállítást megelőző 7 naptári nappal le kell egyeztetni írásban, elektronikus levél formájában. Az elemzésre szánt mintákat a Semmelweis Egyetem Farmakológiai és Farmakoterápiás Intézet munkatársai választják ki, és a sérülésmentesen tárolt mintákat csomagolásra készen összekészítik és fagyasztott állapotban szállítják nyertes ajánlattevő laboratóriumába. A vállalkozási keretszerződés hatálya alatt ajánlatkérő tervezetten 400 db szövetminta totál RNS izolálását és RNS minták génexpressziós profilozását fogja megrendelni. A szerződés keretösszege nettó 31.181.102 Ft. Ajánlatkérő a keretösszeg 100 %-ára vállal lehívási kötelezettséget. Az átvett minták szekvenálását nyertes ajánlattevőnek maximum 20 munkanapon belül kell elvégeznie. Ajánlatkérő nem teszi lehetővé, hogy a szerződés teljesítése érdekében a nyertes ajánlattevő(k) gazdálkodó szervezetet (projekttársaságot) hozzon/hozzanak létre. A részletes követelményeket a közbeszerzési dokumentumok, a műszaki leírás és a szerződéstervezet tartalmazza. II. Az értékelés módszere: Ajánlatkérő az ajánlatokat a Kbt. 76. § (2) bekezdés c) pontja szerint a legjobb ár-érték arány szempontja alapján bírálja el. Az értékelés módszere az „ár” értékelési részszempont esetében a fordított arányosítás, az 1. minőségi kritérium esetében a szélsőértékkel korrigált arányosítás, a 2. minőségi kritérium esetében a pontkiosztás. Az értékelés során adható pontszám alsó és felső határa: 0-10 pont. Minőségi értékelési szempontokkal kapcsolatos információk (részletek: Közbeszerzési dokumentumok, IV. Fejezet, 4. pont.): 1. A minták átvételétől számított munkanapok száma [előny az alacsonyabb; 10 munkanap alatti, és 20 munkanap feletti megajánlás a Kbt. 77. § (1) bekezdése alapján érvényesen nem tehető]; 2. Ajánlattevő alkalmaz vagy szakértőként foglalkoztat olyan szakembert, aki részt vett befejezett tudományos projektben és/vagy szerzője tudományos publikációnak RNS minta izolálása és/vagy RNS minta génexpressziós profilozása témában [pontkiosztás, igen/nem, előny az igen]. Ajánlattevő csatolja a 2. minőségi értékelési szempontra tett IGEN megajánlás alátámasztására a szakember szakmai önéletrajzát, valamint publikáció említése esetén annak másolatát is.